A área do atual município pertencia as antigas áreas Proibidas do Sertão da Mantiqueira, que eram áreas consideradas pela Coroa portuguesa como proibidas ao povoamento e a exploração econômica. Os primeiros habitantes foram os índios tupinambás, que concentravam-se em áreas como a cachoeira das Areias, o Pico do Papagaio, e o Alto Monte Calvário. Com o avanço do homem branco a presença indígena foi sendo reduzida até o começo do século XIX.

Por volta de 1932 chega a região Francisco Rodrigues Gomes. Natural de Santa Rita de Ibitipoca, constrói no novo lugar sua casa, no alto de um morro de onde tinha uma visão panorâmica das terras ao redor. Trouxe consigo uma imagem de Santa Rita e sua presença na localidade fez com que seus poucos moradores que chegavam passassem a chamá-la de Santa Rita, porém a presença abundante da ave jacutinga fez com que tempos mais tarde o nome do povoado fosse ampliado para “Santa Rita de Jacutinga”. A região recebia muitos novos habitantes, que vinham em busca de boas condições de vida para trabalhar principalmente na extração de ouro, na agricultura e no emprego de processos rudimentares de trabalho.

Após a emancipação a cidade crescia rapidamente, sendo que eram fundadas várias fazendas. Francisco Rodrigues Gomes obteve diversas terras por intermédio de Francisco Dionísio Fortes, guarda-mor do Rio Preto. Pela lei provincial n 976, de 2 de junho de 1859 e lei estadual n 2, de 14 de setembro de 1891, criou-se o distrito, então com o nome de Jacutinga, sendo subordinado ao município de Rio Preto. Pela lei estadual n 843, de 7 de setembro de 1923, o distrito passa oficialmente a denominar-se “Santa Rita de Jacutinga”, sendo desmembrado de Rio Preto pelo decreto-lei estadual n 1058, de 31 de dezembro de 1943. Constitui-se desde então por dois distritos; a Sede e Itaboca.Apesar da emancipação ter ocorrido em dezembro de 1943, o aniversário da cidade é comemorado dia 22 de maio, em homenagem a padroeira municipal, Santa Rita de Cássia.
Com o passar do tempo a agropecuária foi ganhando força no município, porém a população da zona rural passou a concentrar-se no perímetro urbano em busca de melhores condições de vida e renda. Algumas de suas fazendas construídos nos séculos XIII e XIX viraram patrimônio histórico da cidade, conservando o estilo barroco da época do desbravamento da região. A Fazenda Santa Clara, por exemplo, que chegou a ser a segunda maior do Brasil em número de escravos foi palco recente de novelas famosas. Além disso, Santa Rita de Jacutinga também vem desenvolvendo seu turismo rural.